يُنتخب المرشد العام عن طريق مجلس الشوري العام ويجب أن يكون قد مضى على انتظامه في الجماعة أخاً عاملا مدة لا تقل عن خمس عشرة سنة هلالية ، وبعد انتخابه يبايعه أعضاء الجماعة وعليه التفرغ تماما للجماعة ولا يصح له المشاركة في أي أعمال أخرى عدا الأعمال العلمية والأدبية بعد موافقة مكتب الإرشاد ، ويظل المرشد في منصبه لمدة ست سنوات، قابلة للتجديد ، ويختار المرشد العام نائبا له أو أكثر من بين أعضاء مكتب الإرشاد العام وفي حالة وفاته أو عجزه يقوم نائبه بعمله إلى أن يتجمع مجلس الشوري العام لانتخاب مرشد جديد ، وكذلك يمكن لمجلس الشوري العام ان ينحي المرشد إذا خالف واجبات منصبه
غير انه بحسب الإخوان فإن إنتخاب المرشد لا يتم حالياً إلا بواسطة أعضاء مكتب الإرشاد حيث يتذرع الإخوان بمخاوف أمنية من اجتماع مجلس الشوري العام حيث انه في عام 1995م قامت قوات الأمن بالقبض على غالبية المشاركين فيه وتم تحويلهم إلى محاكمات عسكرية حكمت على كثيرين منهم بالسجن مدد تتراوح من ثلاث إلى خمس سنوات